• Atuam como decompositores, tendo, portanto, papel importante na reciclagem da matéria nos ecossistemas e no enriquecimento do meio abiótico com nutrientes minerais, indispensáveis ao desenvolvimento dos produtores.
• Alguns vivem associados com raízes de plantas formando as micorrizas, relação em que há uma troca mútua de benefícios. As raízes das plantas absorvem parte dos nutrientes minerais provenientes da degradação dos restos de matéria orgânica do solo realizada pelos fungos e, em troca, as plantas cedem açúcares produzidos pela fotossíntese para os fungos. Esse tipo de associação tem uma importância relevante na agricultura, uma vez que disponibiliza mais nutrientes minerais para o desenvolvimento das plantas cultivadas.
• Muitas espécies são utilizadas na alimentação, como acontece com o basidiomiceto Agaricus campestris (champignon) e o ascomiceto Morchella esculenta.
• Muitas espécies fermentadoras são utilizadas industrialmente na produção de certos tipos de queijos (Camembert, Roquefort, Gorgonzola) e bebidas alcoólicas (cervejas, vinhos). Certas leveduras, conhecidas também por fermentos biológicos, são utilizadas na fabricação de pães, bolos e biscoitos.
• Algumas espécies servem como matéria-prima para a extração de drogas de interesse médico-farmacêutico. É o caso, por exemplo, dos fungos utilizados na fabricação de antibióticos.
• Muitas espécies se constituem ótimo material para estudo do código genético, ação gênica e recombinação genética, e, por isso, são muito utilizadas em Genética, Citologia e Bioquímica.
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